Projekt budowy domu parafialnego przewidywał, że 1/3 będzie przeznaczona na salki katechetyczne. Ze względu na panujący jeszcze wtedy reżim nazwaliśmy tę część „Kaplicą Katechetyczną”. Gdy stan zerowy budowli został ukończony, równolegle do prac przy kościele, trwały intensywne prace przy tej części katechetycznej, tak, że już 8 IX 1985 r. ks. bp w. Pluta poświęcił ją. I odtąd, dzieci i młodzież parafii tam uczyła się religii w wygodnych i normalnych warunkach. Tak było do roku szkolnego 1990/1991.

Od tego czasu religia wróciła do szkół. Ponieważ szkoły były wtedy przepełnione, parafia, za zgodą Kurii Biskupiej, wypożyczyła bezpłatnie salki katechetyczne szkole podstawowej SP-17. Odtąd uczyły się tam dzieci klas I, II, III wszystkich przedmiotów. Tak było do 1993 r., kiedy to Szkoła Podstawowa wycofała się z zajmowania naszego budynku, ze względu na zmniejszenie się liczby uczniów. Wtedy Stowarzyszenie Rodzin Katolickich w Zielonej Górze postanowiło utworzyć w naszej parafii Katolickie Liceum Ogólnokształcące św. Stanisława Kostki.

2 IX 1994 r. ks. bp. A. Dyczkowski dokonał otwarcia i poświęcenia Katolickiego Liceum Ogólnokształcącego im. św. Stanisława Kostki. Nowy rok szkolny rozpoczęło 35 uczniów w dwóch  pierwszych klasach. Dyrektorem został p. mgr Marek Budniak.

W roku 2004 KLO obchodziło uroczyście 10-lecie swego istnienia.

1 IX 1999 r. Stowarzyszenie Rodzin Katolickich uruchomiło w naszej parafii Katolickie Gimnazjum Niepubliczne.

Gimnazjum to, w roku szkolnym 2005/6, zajęło pierwsze miejsce w rankingu gimnazjów województwa lubuskiego.

W ostatnim czasie sale wykładowe klas gimnazjalnych znajdują się w gmachu szkoły podstawowej SP-17 na ul. Staffa.